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HTML 소스에 보면 플래시 파일의 소스가 있을 겁니다.
자세히 보시면 <param> 이 설정된 부분에 다음과 같은 내용을 한 줄 추가 합니다.
<param name="wmode" value="transparent">

위의 태그는 플래시의 배경을 투명하게 해주는 태그입니다.
그런다음 레이어를 설정합니다.
<div> 에서 z-index를 swf 파일보다는 높게 잡아주면 됩니다.
z-index는 숫자가 높으면 높을수록 <div> 중에서 상단에 놓이게 됩니다.
swf 파일을 레이어삽입하지 않고 테이블에 삽입한다면 swf 파일은 z-index는 0 으로 잡힙니다.