<script language="javascript" src="/js/prototype.js"></script>
<script language="javascript" src="/js/jquery-1.4.1.min.js"></script>
<script type="text/javascript">
var $jq = jQuery.noConflict();
$jq(document).ready(function(){
function~~~
});
</script>
위와 같이 하면 prototype 과 jQuery 를 같이 사용 할 수 있습니다.