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간단히 말씀 드려보지요.
server.execute와 include는 차이점이 아니라 전혀 다른 얘기입니다.
결과는 같은 결과를 낼수는 있지만 개념이 완전히 다른것이라 차이점이라 말하기 힘듭니다.

include
ASP문서에서 가장먼저 처리하는것이 include 입니다.
프로그램적 처리 이전에 include 된다는 말입니다.
include 하여 하나의 문서를 완성한뒤 프로그램이 실행된다고 생각하면 쉽겠지요.
include 개념을 이해하지 못하는 분들도 꽤 많습니다.

server.execute
해당문서에 권한을 넘겨주어 실행하는 것이라고 볼수 있습니다. 다시 권한을 넘겨 받겠지요.
다시 말하면 해당문서가 독자적으로 실행하여 결과만 넘겨준다고 얘기할수 있습니다.
독자적 실행이기 때문에 실행되는 문서에서 넘어오는 값을 다 받아서 처리해야 합니다.
또한 필요한 모듈등 include 해줘야겠지요.

뭘쓰는게 효율적이냐의 정답은 없습니다. 다른 개념이기 때문이지요.

피해야 할것이 있다면
If 조건 Then
- include
Else
- include
End If

이런형태는 피해야 합니다. 이유는 실행 이전 include 된다는 점입니다.
간혹 관리를 쉽게하겠다고 페이지명을 받아 조건에 맞는 페이지를 include 시키는 분도 있습니다.
전체사이트를 include 하였다고 볼수 있겠지요. 무식한놈이라고 욕먹기 딱이겠지요.

위에 조건에 따른 include의 대체방법으로 server.execute를 쓸수는 있습니다.
server.execute는 조건에 따라 실행을해도 하나만 실행되는 점이 장점이 될수 있겠습니다.
허나 위에서 얘기했듯 독립적실행이기 때문에 실행되는 문서에서 값을 다시 받아주는것과 필요모듈 include
해주는것 잊지 말아야겠지요.