그래서 뭐가 달라졌나 봤더니.. 바꿀 대상 문자열에 ' (홑따옴표) 와 % 기호가 있다는 것이 달라진 점이더군요. 일단 /, ", % 는 앞에 \ 를 붙여주니 해결이 되었는데, ' 는 앞에 \ 를 붙여주어도 해결되지 않았습니다. 조금 삽질을 하다가.. 아마 전체 문자열을 둘러싸고 있는 기호가 홑따옴표라서 그렇지 않을까.. 하고 생각하고 대상 문장을 둘러싸는 기호를 홑따옴표에서 겹따옴표로 바꿔주고 ' 앞에 \ 를 붙여주니 잘 실행되네요.
find ./ -name "*.htm" -exec perl -pi -e "s/원본문자열/바뀔문자열/g" {} \;
혹시나 같은 이유로 삽질하시는 분이 계실까봐 올려봅니다. 바뀔문자열에 ' (홑따옴표) 가 포함되어 있다면 문장 전체를 둘러싸는 기호를 " (겹따옴표) 로 바꾸면 됩니다.