.htaccess 파일로 계정내에 rewrite를 설정하시면 원하시는 2차도메인으로 연결이 가능합니다.
subdomain.my.com 2차도메인을 subdomain 명의 디렉토리로 연결하실 경우 www폴더 하위에 .htaccess파일을 아래와 같이 설정해보시기 바랍니다.
==================.htaccess 파일 예=========================
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond $1 !^(subdomain)/
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^subdomain\.my\.com [NC]
RewriteRule ^(.*) %{HTTP_HOST}$1 [C]
RewriteRule ^([^.]+)\.my\.com(.*) /$1/$2 [L]
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